晃実と恭平は異能の力を持って生まれてきた。
哀しい出来事を繰り返し、二人は自分たちを作り上げた組織を討伐するために、
十年もの時間を異能力の鍛錬に費やしてきた。
そしてついに、はっきりとは正体の見えない組織―――
能力開発局（Development　Agency　of　Faculty）通称ＤＡＦダフを誘い出すために、
そしてそれを世間に知らしめるために、異能力を使い奇跡を演出する。
父親代わりをしてきた先生・・、異能力を持った青年・雄士、大企業の頭首・海堂将史。
さまざまな人物がそれぞれの思い、思惑を持ちながら、次第に事が動き出す。

高速道路で三度目の大事故が起きる。それはＤＡＦが仕掛けた罠だった。
そこで会った異能力者は恭平にそっくりなクローンであった。
恭平にはクローンとは別に双子の兄がいたことが判明する。
兄は恭平の意識を乗っ取り、ＤＡＦに連れ去った。
晃実は救い出そうとしたが、あまりにも弱った恭平を助け出すことができない。
そして、度々晃実の危機を救う、闘う相手であるはずの雄士。
二人は出会ったことにより、不確かな記憶がともに揺れ始める。

晃実は雄士の手を借りて恭平と対面する機会を得る。
その過程で異質の生命体【Ｘ】 ――― シャイとグレイに遭遇。
共存体の姿と彼らの異能力はＤＡＦにとっても未知のものであった。
そして対面した恭平が明らかにしたのは晃実の記憶が操作されていたこと。
なぜそうされる必要があったのか答えを訊く時間もなく、
これ以上、恭平が無理をしないよう、逆に晃実は恭平の記憶を操作した。
生きて恭平を取り戻すという望みを残すために。
晃実は恭平と引き換えるようにタイプＡ１をＤＡＦから連れ去る。
不完全体のタイプＡ１は晃実の再生力によって躰の機能が完全になった。
Ａ１は粋という名を晃実からもらい、ＤＡＦ討伐に協力することを名言。
粋はＤＡＦの研究、異能力最強の力【ミーム】、
そして恭平の【予知力】について驚くべき事実を明らかにする。
一方で記憶に翻弄されていく、晃実と中途半端な立場に身を置く雄士。
雄士に関する一事実を晃実が告げたことにより、
雄士と粋は異能力者の誕生由縁を知ることになる。

この章では異能力者の由縁が明らかに。
初代異能力者たちと晃実たちの出会い、そして雄士との出会い。
洸己が勤めていた原子力発電所で起きた臨界事故はシステムの誤作動として処理された。
隠された放射能漏れにより、洸己はその場に居合わせた同僚と環とともに奇跡の数字に遭い、
特殊な能力――異能力を持ってしまう。
洸己と環の間に雄士は新種生命体として生まれる。
突然変異で異能力者となった洸己たちは体調不良を起こし、
環の父親が経営する海堂病院に入院するが、環の兄、将史の奸計により研究体とされてしまった。
そこで生まれた異能力者たちとの出会い。やがて宿命ともいえる歯車が廻りだす。
廻り合いがもたらした恭平の能力。恭平が暗示した未来とは。

晃実が語った事実により雄士の心がはっきりと変化する。
唯一のネックはシャイとグレイ。
祖母の市絵に過去を確かめ、
迷いながらも将史と対峙した雄士はＤＡＦに捕らえられてしまう。
それを助けたのはグレイだった。
グレイはシャイを見捨てないことを雄士に約束させ、晃実と粋に雄士を預けた。
グレイはシャイの力を抑えきれるのか。ＢＯＭに侵された恭平はどうなるのか。
まもなく決戦への闘いが始まる。

ＤＡＦを捨て、晃実と粋についた雄士。
ごく日常にある戯れのなか、ＤＡＦの異能力者が侵入。
神経略をするなかで恭平がＢＯＭに侵されたことを知る晃実。
もう決戦をためらう理由はなくなった。
そして雄士は晃実による血の封鎖を解かれ、すべての記憶を取り戻す。
そこには驚愕の事実があった。覚悟を迫られる雄士。
一方で粋はあらゆる事実をかみ合わせ、真実をつきとめる。
そこへついにシャイがミームを発動した−。

倒すべきＤＡＦを牛耳る将史の驚くべき事実が明らかになる。
雄士を失い、共存体であるのにグレイも見出せず、心を閉ざしていくシャイ。
信じて…。永い眠りから涙が覚醒させた心は願い叫ぶ。
晃実の中にある、目を背けたくなるほどの記憶とは。
そして明らかにされる誕生の秘密。
闇、あるいは、偉大な光、とは。
すべてが今に集結していく ―。
結末にあるのは悲劇か、それとも必然なのか。
殺して…。溢れる涙の行方。